W czerwcu do starosty Krzysztofa Kapusty warszawska delegatura Najwyższej Izby Kontroli przesłała wystąpienie pokontrolne. Dokument ma związek z kontrolą przeprowadzoną w pierwszym kwartale 2009 r., która dotyczyła nadzoru nad działalnością szpitala w zakresie gospodarowania publicznymi pieniędzmi w latach 2006 – 2008

Mimo stwierdzonych nieprawidłowości, NIK oceniła sprawowanie przez starostwo kontroli nad szpitalem pozytywnie.
Jak czytamy w protokole „sytuacja ekonomiczna SPZOZ (...) od 2007 r. ulegała systematycznej poprawie. W 2006 r. (...) poniesiono stratę w kwocie 1 365 200 zł, natomiast na koniec 2007 r. osiągnięto zysk w kwocie 82,7 tys. zł, który na koniec 2008 r. zwiększył się do kwoty 1 324 400 zł.
Skumulowana strata z lat poprzednich w 2006 r. wynosiła 7 735 100 zł, a pod koniec 2008 r., po uwzględnieniu osiągniętego w tym roku zysku zmniejszyła się do 6 331 000 zł.
Zobowiązania finansowe i rezerwy na ich realizację jeszcze w 2006 r. stanowiły 96,7% wartości aktywów, a pod koniec 2008 r już tylko 36,9%. Pogorszeniu o 8,5% uległ jednak na koniec 2008 r. w stosunku do 2006 r. wynik ze sprzedaży usług. Strata na tej działalności uległa zwiększeniu z kwoty 489 900 zł do kwoty 531 700 zł.
W latach 2006 – 2008 starostwo powiatowe udzieliło szpitalowi dotacji w wysokości 2 699 500 zł. Środki te przeznaczono na wykonywanie zadań i inwestycje, w tym 750 tys. zł na spłatę poręczonej pożyczki bankowej otrzymanej w ramach restrukturyzacji finansowej.
Ten zastrzyk gotówki w znacznym stopniu, w ocenie kontrolujących, wpłynął na podniesienie standardów świadczonych usług zdrowotnych i polepszenie sytuacji finansowej szpitala.
NIK zwróciła uwagę na to, że w latach 2006 – 2008 starostwo nie przeprowadziło w szpitalu kontroli dotyczących sytuacji finansowej, ustalenia przyczyn uzyskiwania niekorzystnych wyników ekonomicznych na prowadzonej działalności statutowej czyli sprzedaży usług medycznych. Nie dokonywano także analizy kosztów, nie kontrolowano prawidłowości wykorzystywania środków publicznych, w tym zakupionego z dotacji sprzętu i wyposażenia oraz prawidłowości realizacji inwestycji i remontów.
Kontrolerzy wytknęli staroście, że mimo stwierdzonych w maju 2006 nieprawidłowości na Oddziale Paliatywnym nie przekazano wniosków mających na celu ich wyeliminowanie. W ten sposób nadal możliwa była praca innych lekarzy niż zgłoszonych w Narodowym Funduszu Zdrowia jako pracowników oddziału.
Ponadto na listach pacjentów oczekujących na świadczenia medyczne brakowało daty realizacji tegoż świadczenia.